Gjeldende versjon: ​Spalte v01 (pdf)

Indikasjoner

Leppe- og/eller ganespalter er vanlige medfødte utviklingsavvik. Ofte forekommer leppe- og/eller ganespalte som en isolert misdannelse, men i mange tilfeller representerer de ett av trekkene ved syndromet forårsaket av sykdomsgivende genvarianter eller kromosomforandringer. Cirka 800 tilstander er assosiert med leppe- og/eller ganespalte. Ved klinisk vurdering er det viktig å kunne skille mellom de syndromale og ikke-syndromale tilfellene. Genpanelet er relevant å rekvirere i de tilfellene hvor det foreligger mistanke om syndromal leppe-/ganespalte. Molekylær kromosomanalyse (array-CGH) bør utføres forut for utredning med genpanel.

Om genpanelet

Genpanelet inneholder 148 gener og er basert på Genomics England PanelApp «Clefting (version 2.48)». Det utføres eksomsekvensering av pasienten (alle kodende regioner inkludert spleiseseter), deretter bioinformatisk filtrering for å analysere genpanelet.

Metodebeskrivelse

Som hovedregel utføres genomsekvensering av blodprøver, med analyse av in silico genpanel. For biopsier kan andre sekvenseringsmetoder benyttes. Varianter i kodende region og -20/+6 basepar av intronisk sekvens vurderes. Varianter utenfor disse områdene rapporteres normalt ikke. Varianter vurderes og klassifiseres etter modifiserte retningslinjer fra The American College of Medical Genetics and the Association for Molecular Pathology (Richards et al., Genetics in Medicine 2015;17:405 og Amendola et al. Am J Hum Genet 2016;98:1067). Varianter med allelfrekvenser >0,5% i gener forbundet med autosomal dominant arvegang og >1% for andre arveganger i antatt friske kontrollpopulasjoner (gnomad.broadinstitute.org) vurderes som normalvariasjon. Normalvariasjon/sannsynlig normalvariasjon rapporteres ikke.

Genpanelene oppdateres regelmessig, men kan være ufullstendige da nye gener kontinuerlig identifiseres som årsak til sykdom. Det kan utføres reanalyser med andre/nyere versjoner av genpaneler, det må da sendes ny rekvisisjon. Laboratoriet utfører ikke systematiske reanalyser, men kan ved ny kunnskap utstede ny rapport.

Begrensninger for genpanelet

Analysen kan ha utilfredsstillende kvalitet for genotyping i enkelte regioner av genpanelet, dette angis i vedlegg til svarrapport. Variasjon i repeterte sekvenselementer og dupliserte områder i genomet (segmentale duplikasjoner) samt lavgradig mosaisisme kan som hovedregel ikke påvises med genomsekvensering. Større strukturelle varianter som insersjoner, delesjoner og duplikasjoner kan påvises ved genomsekvensering, men inngår ikke i analysen og omfattes ikke av avdelingens akkreditering.

Hensikten med testen er å identifisere årsak til sykdom; bærerstatus for recessive tilstander som ikke er sammenfallende med pasientens fenotype rapporteres vanligvis ikke. Kliniske opplysninger og familieanamnese benyttes ved laboratoriets valg av hensiktsmessig analyse, prioritering og variantvurdering. Mangelfulle/ukorrekte opplysninger på rekvisisjon vil derfor kunne medføre feil analyse, feil prioritering, feil i variantvurdering og dermed redusert utsagnskraft av de rapporterte resultater.

Rekvirering

Analysen kan rekvireres av spesialist i

• Barnemedisin
• Barnekirurgi
• Medisinsk genetikk

Vi trenger EDTA-blodprøve av pasienten. Benytt Rekvisisjon for medisinsk-genetiske analyser ved Avdeling for medisinsk genetikk – OUS. Rekvisisjonen må inneholde indikasjon for analysen (klinisk informasjon og supplerende undersøkelser). Rekvisisjonens bakside skal være utfylt. Anfør gjerne ønsket panel «Spalte».  Familieanamnese inkludert navn og fødselsdato på relevante familiemedlemmer er nyttig. Inkluder gjerne resultat av genetiske analyser som ikke er utført hos oss. Analysen er ressurskrevende, ta kontakt ved spørsmål, tlf. 22 11 98 60.