Biokjemi + Genetikk = Nyfødtscreening

Ett av tusen spedbarn i Norge fødes med en alvorlig genetisk sykdom som krever umiddelbar behandling, helst før symptomer i det hele tatt oppstår. Utvidelsen av genetisk i tillegg til biokjemisk analyse i screening-programmet av nyfødte gjør at man kan identifisere pasientene mer presist og raskere, og dermed forbedre prognosene deres.

Bilde av gener

​Avdelingen for nyfødtscreening tester for øyeblikket 25 alvorlige genetiske sykdommer som kan behandles.

Screeningen tilbys alle nyfødte i Norge og omfatter en blodprøve tatt fra barnets hel innen 48-72 timer etter fødsel. Prøven sendes til oss på filterkort for analyse.

Bilde av C. Trier

Cassandra Trier, forsker PhD, Avdeling for nyfødtscreening, BAR, OUS. Foto: Privat.

I screeningprogrammer verden over utføres testen med metabolske analyser av biomarkører som er relevante for de spesifikke sykdommene.

I Norge har vi utvidet programmet til å også inkludere en hurtig sekvens-analyse av sykdomsgenene der oppklarende informasjon trengs.

Hva får vi ut av genetisk analyse?

Biomarkørene i seg selv er ofte gode indikatorer på sykdommene vi tester for. Men, forhøyede verdier av biomarkørene kan også i enkelte tilfeller skyldes andre forhold, for eksempel hos premature barn eller barn med lav fødselsvekt. Dette kan dermed lede til falske positive tester.

Med genetiske analyser kan man i prinsippet koble sykdomstrekkene til genotype. Slike tester kan derfor oppklare usikkerheter, ytterligere øke screeningens positiv prediktiv verdi, og hjelpe med å belyse mer komplekse caser hvor sykdomsbildet er uklart.

Bilde av blodprøve som tas av nyfødt i foten

Blodprøve tas av de nyfødte og premature. Foto: OUS.

Vil genetikken erstatte biokjemiske tester i nyfødtscreening?

Det har vært stor begeistring knyttet til utviklingen av next-generation sequencing (NGS) ettersom det muliggjør kjappe og kostnadseffektive analyser av svært mange prøver samtidig.

Det har også blitt spekulert i om disse nye metodene vil fullstendig overta for biokjemiske analyser i screeningprogrammer. Men NGS-data er ikke uproblematisk. Spesielt opplever vi utfordringer knyttet til såkalte pseudogener eller paraloge gener.

I praksis er det snakk om kopier av sykdomsgenene vi egentlig er på jakt etter, men som har ørsmå forskjeller i baserekkefølgen og dermed en annen funksjon. Når vi gjør genetiske analyser av pasientene, søker vi i genprøvene deres opp mot et genetisk referansebibliotek.

Problemene oppstår når de korte sekvensene gir treff på både de aktuelle sykdomsgenene og pseudogenene/paralogene (som ikke har noen effekt). For eksempel, og i verste fall, kan man da ende opp med å konkludere at personen er frisk når det motsatte faktisk er tilfelle, en såkalt falsk negativ. Vi jobber nå med å løse dette problemet.

I tillegg finnes det mange genetiske varianter med ukjent betydning, og genetisk analyse alene kan derfor resultere i mange falske positiver og generelt usikre resultater. Inntil videre er derfor biokjemiske og genetiske analyser sterkt komplementerende til hverandre. I dag betyr dette både mer presise og raskere resultater.

Hva vil fremtiden bringe?

Programmet for nyfødtscreening utvider bruken av NGS-metoder i screening-prosessen, og prøver ut nye teknologier for å overkomme utfordringene vi har møtt på til nå.

Å ta i bruk sekvenseringsteknologi som gir lengre avlesninger vil for eksempel kunne løse problemene med pseudogener. Vi ønsker også å undersøke i hvilken grad strukturelle varianter kan påvirke sykdomsbildet.

Ved å utvide bruk av NGS-teknologien, kan vi bedre koble genotype og sykdomstrekkene vi undersøker. I tillegg er vi godt forberedt på utvidelse av programmet til å inkludere flere sykdommer når nye behandlingsalternativer blir klare.

Les mer om nyfødtscreening ved Oslo universitetssykehus.

Les fagartikkel fra Cassandra Trier, publisert 4. september 2020, i NPJ Genomic Medicine for mer detaljert faglig informasjon.

TEKST: CASSANDRA TRIER, FORSKER, PHD, AVDELING FOR NYFØDTSCREENING, BARNE- OG UNGDOMSKLINIKKEN, OSLO UNIVERSITETSSYKEHUS. FOTO: OUS OG PRIVAT. 


Fant du det du lette etter?