Segmental Overvekst

Genpanel for segmental overvekst og vaskulære malformasjoner inkluderer gener forbundet med vaskulære malformasjonsyndromer

Segmental overvekst og vaskulærmalformasjoner v02 (pdf)

Indikasjoner

Genpanel for segmental overvekst og vaskulære malformasjoner inkluderer gener forbundet med vaskulære malformasjonsyndromer (f. eks. Mb. Osler, kapillær malformasjon-arteriovenøs malformasjon, multiple cerebrale kavernomer og hereditært lymfødem) samt somatiske mosaikktilstander kjennetegnet ved segmental overvekst, isolerte vaskulære malformasjoner eller typiske hudforandringer (f. eks. PIK3CA-relatert overvekst og Proteus syndrom).

Om genpanelet

For tilstander hvor det er mistanke om somatisk mosaisisme (eksempelvis PIK3CA-relatert overvekst, isolert vaskulær malformasjon eller typiske hudforandringer) må vi undersøke DNA fra affisert vev. Prøvemateriale kan være en biopsi fra affisert hud, eller kirurgisk preparat fjernet i forbindelse med operasjon. OBS! Formalinfikserte preparater er ikke egnet for dypsekvensering, prøvematerialet bør fryses eller oppbevares kortvarig i saltvann. Hudbiopsi bør ikke dyrkes forut for eksomanalyse. Mistenkes Beckwith-Wiedemann syndrom eller isolert hemihyperplasi må det utføres egen metyleringssensitiv MLPA-analyse.

Begrensninger

DNA fra affisert vev eksomsekvenseres med høy lesedybde for å muliggjøre påvisning av varianter i lavgradig mosaikk. DNA fra blod genomsekvenseres etter standard protokoll. Lavgradige mosaikk-varianter blir ikke detektert i bioinformatisk pipeline, men vi undersøker rådata hvis rekvirent ber om/mistenker et eller flere spesifikke gener. For å detektere lavgradige mosaikk-varianter justeres allelfrekvensen fra 0,25 til ned til 0,02, og eksoner eller spesifikke områder sjekkes manuelt for varianter (se avsnitt under for PIK3CA). Eventuelle funn verifiseres før rapportering. Analyse av genpanelet på prøver fra affisert vev er ikke omfattet av avdelingens akkreditering.

For pasienter med PIK3CA-relaterte sykdommer (PROS) må spesifikke posisjoner (se under) og områder rundt kontrolleres manuelt. Posisjonene som undersøkes er basert på Venot Q et al., 2018 Nature 558;540, hvor det er rapportert mange PROS-pasienter med sykdomsgivende mosaikkvarianter. Noen av posisjonene ligger i ekson som er affisert av segmentale duplikasjoner.

Fant du det du lette etter?