Segmental Overvekst

Genpanel for segmental overvekst og vaskulære malformasjoner inkluderer gener forbundet med vaskulære malformasjonsyndromer

Gjeldende versjon:
Segmental overvekst og vaskulærmalformasjoner v03 (pdf)

Tidligere versjon:
Segmental overvekst og vaskulærmalformasjoner v02 (pdf)

Indikasjoner

Genpanel for segmental overvekst og vaskulære malformasjoner inkluderer gener forbundet med vaskulære malformasjonsyndromer (f. eks. Mb. Osler, kapillær malformasjon-arteriovenøs malformasjon, multiple cerebrale kavernomer og hereditært lymfødem) samt somatiske mosaikktilstander kjennetegnet ved segmental overvekst, isolerte vaskulære malformasjoner eller typiske hudforandringer (f. eks. PIK3CA-relatert overvekst og Proteus syndrom).

Om genpanelet

For tilstander hvor det er mistanke om somatisk mosaisisme (eksempelvis PIK3CA-relatert overvekst, isolert vaskulær malformasjon eller typiske hudforandringer) må vi undersøke DNA fra affisert vev. Prøvemateriale kan være en biopsi fra affisert hud, eller kirurgisk preparat fjernet i forbindelse med operasjon. OBS! Formalinfikserte preparater er ikke egnet for dypsekvensering, prøvematerialet bør fryses eller oppbevares kortvarig i saltvann. Hudbiopsi bør ikke dyrkes forut for eksomanalyse. Mistenkes Beckwith-Wiedemann syndrom eller isolert hemihyperplasi må det utføres egen metyleringssensitiv MLPA-analyse.

DNA fra affisert vev eksomsekvenseres med høy lesedybde for å muliggjøre påvisning av varianter i lavgradig mosaikk. DNA fra blod genomsekvenseres etter standard protokoll. Lavgradige mosaikk-varianter blir ikke detektert i bioinformatisk pipeline, men vi undersøker rådata hvis rekvirent ber om/mistenker et eller flere spesifikke gener. For å detektere lavgradige mosaikk-varianter justeres allelratio fra 0,25 til ned til 0,02, og eksoner eller spesifikke områder sjekkes manuelt for varianter. Eventuelle funn verifiseres før rapportering. Analyse av genpanelet på prøver fra affisert vev er ikke omfattet av avdelingens akkreditering.

Begrensninger

Analysen kan ha utilfredsstillende kvalitet for genotyping i enkelte regioner av genpanelet, dette angis i vedlegg til svarrapport. Variasjon i repeterte sekvenselementer og dupliserte områder i genomet (segmentale duplikasjoner) samt lavgradig mosaisisme kan som hovedregel ikke påvises med genomsekvensering. Større strukturelle varianter som insersjoner, delesjoner og duplikasjoner kan påvises ved genomsekvensering, men inngår ikke i analysen og omfattes ikke av avdelingens akkreditering.

Hensikten med testen er å identifisere årsak til sykdom; bærerstatus for recessive tilstander som ikke er sammenfallende med pasientens fenotype rapporteres vanligvis ikke. Kliniske opplysninger og familieanamnese benyttes ved laboratoriets valg av hensiktsmessig analyse, prioritering og variantvurdering. Mangelfulle/ukorrekte opplysninger på rekvisisjon vil derfor kunne medføre feil analyse, feil prioritering, feil i variantvurdering og dermed redusert utsagnskraft av de rapporterte resultater.

Rekvirering

Vi trenger EDTA-blodprøve eller biopsi av affisert vev. Benytt Rekvisisjon for medisinsk-genetiske analyser ved Avdeling for medisinsk genetikk – OUS. Rekvisisjonen må inneholde indikasjon for analysen (klinisk informasjon og supplerende undersøkelser). Rekvisisjonens bakside skal være utfylt. Familieanamnese inkludert navn og fødselsdato på relevante familiemedlemmer er nyttig. Inkluder gjerne resultat av genetiske analyser som ikke er utført hos oss. Analysen er ressurskrevende, ta kontakt ved spørsmål, tlf. 22 11 98 60.