Gjeldende versjon: Hørsel v01 (pdf)

Indikasjoner

Indikasjon for å rekvirere genpanelet er nevrogent hørselstap hvor det mistenkes genetisk årsak. Dette gjelder først og fremst barn med alvorlig medfødt hørselshemming hvor det vurderes cochleaimplantat.  Ved ervervet nevrogent hørselstap er ca 50% forårsaket av genetiske tilstander, hvorav 70% er ikke syndromale og 30% er syndromale.

•          Panelet må ikke rekvireres hvis det tidligere er påvist genfeil som årsak til hørselstap i pasientens familie.

Om genpanelet

Genpanelet omfatter gener involvert i arvelig hørselshemming og omfatter både recessive, dominante og X-bundne tilstander, men inkluderer ikke tilstander assosiert med varianter i mitokondrielt DNA.

Genlisten er bygget på følgende kuraterte genlister fra Genomics Englands panelApps og PanelApp Australia:

-Genomics England, Auditory neuropathy spectrum disorder version 1.8 03.02.21

-Genomics England, Deafness and congenital structural abnormalities version 1.17, 03.02.21

-Genomics England, Hearing loss version 2.157 08.04.21

-PanelApp Australia, Deafness_IsolatedAndComplex v 1.64 08.04.21

Som hovedregel utføres genomsekvensering av blodprøver, med analyse av in silico genpanel. For biopsier kan andre sekvenseringsmetoder benyttes. Varianter i kodende region og -20/+6 basepar av intronisk sekvens vurderes. Varianter utenfor disse områdene rapporteres normalt ikke. Varianter vurderes og klassifiseres etter modifiserte retningslinjer fra The American College of Medical Genetics and the Association for Molecular Pathology (Richards et al., Genetics in Medicine 2015;17:405 og Amendola et al. Am J Hum Genet 2016;98:1067). Varianter med allelfrekvenser >0,5% i gener forbundet med autosomal dominant arvegang og >1% for andre arveganger i antatt friske kontrollpopulasjoner (gnomad.broadinstitute.org) vurderes som normalvariasjon. Normalvariasjon/sannsynlig normalvariasjon rapporteres ikke. Genpanelene oppdateres regelmessig, men kan være ufullstendige da nye gener kontinuerlig identifiseres som årsak til sykdom. Det kan utføres reanalyser med andre/nyere versjoner av genpaneler, det må da sendes ny rekvisisjon. Laboratoriet utfører ikke systematiske reanalyser, men kan ved ny kunnskap utstede ny rapport.

Begrensninger for genpanelet

Den nest vanligste årsaken for moderat hørselstap med recessiv arvegang er DFNB16 forårsaket av sykdomsgivende varianter i STRC genet. Genet inngår ikke i genpanelet da genet har stor sekvenslikhet med andre områder i genomet, som gir lav analytisk sensitivitet i STRC. Delesjoner utgjør en stor andel av sykdomsgivende varianter i STRC genet, og det antas at ca 1% av befolkningen er bærere for en delesjon i 15q15.3 som inkluderer CATSPER2 og STRC (Hoppman et al 2013). Det kan rekvireres MLPA analyse 461 ved moderat hørselshemming, spesielt ved medfølgende mannlig infertilitet (Deafness-Infertility syndrome).

Panelet inkluderer ikke årsaker til døvhet forårsaket av varianter i mitokondrielt DNA.

Analysen kan ha utilfredsstillende kvalitet for genotyping i enkelte regioner av genpanelet, dette angis i vedlegg til svarrapport. Variasjon i repeterte sekvenselementer og dupliserte områder i genomet (segmentale duplikasjoner) samt lavgradig mosaisisme kan som hovedregel ikke påvises med genomsekvensering. Større strukturelle varianter som insersjoner, delesjoner og duplikasjoner kan påvises ved genomsekvensering, men inngår ikke i analysen og omfattes ikke av avdelingens akkreditering.

Hensikten med testen er å identifisere årsak til sykdom; bærerstatus for recessive tilstander som ikke er sammenfallende med pasientens fenotype rapporteres vanligvis ikke. Kliniske opplysninger og familieanamnese benyttes ved laboratoriets valg av hensiktsmessig analyse, prioritering og variantvurdering. Mangelfulle/ukorrekte opplysninger på rekvisisjon vil derfor kunne medføre feil analyse, feil prioritering, feil i variantvurdering og dermed redusert utsagnskraft av de rapporterte resultater.

Rekvirering

Genpanelet kan fortrinnsvis rekvireres fra ØNH- eller medisinsk genetisk avdeling.

Vi trenger EDTA-blodprøve av pasienten. Benytt Rekvisisjon for medisinsk-genetiske analyser ved Avdeling for medisinsk genetikk – OUS. Rekvisisjonen må inneholde indikasjon for analysen (klinisk informasjon og supplerende undersøkelser). Rekvisisjonens bakside skal være utfylt. Anfør gjerne ønsket panel.  Familieanamnese inkludert navn og fødselsdato på relevante familiemedlemmer er nyttig. Inkluder gjerne resultat av genetiske analyser som ikke er utført hos oss. Analysen er ressurskrevende, ta kontakt ved spørsmål, tlf. 22 11 98 60.