Gjeldende versjon: Hjernekanalopatier v02 (pdf)
Tidligere versjon:
Hjernekanalopatier v01 (pdf)
Om genpanelet
Panelet er basert på PanelApps «Brain channelopathy v1.70» (https://panelapp.genomicsengland.co.uk/panels/90/), Lichetta L et al., Seizure 2020 74:60 og Bartolini E et al., Neurological Sciences 2020 41:749 samt innspill fra relevante fagpersoner. Panelet kan være relevant ved mistanke om:
- Kanalopati-relatert epilepsi (typisk med tilleggssymptomer som ataksi, dystoni, dyskinesi, svakhet, hemiplegisk migrene m.m.)
eller
- SCN1A-assosiert fenotype
- SLC2A1-assosiert fenotype
- Enkelte former for fokal epilepsi, benign familiær epilepsi eller annen spesifisert epilepsi (konf. genliste)
- Søvnrelatert hypermotorisk epilepsi (nattlig frontallappsepilepsi)
Relevante kliniske opplysninger og resultater fra supplerende utredning må oppgis på rekvisisjonen for at vi skal kunne vurdere indikasjonen i hvert enkelt tilfelle. Panelet er ikke indisert ved ukomplisert epilepsi. Ved mistanke om SCN1A eller SLC2A1-assosiert fenotype kan det være relevant å utføre MLPA-analyse i tillegg. For pasienter med epilepsi og psykisk utviklingshemming eller (mistenkt) epileptisk encefalopati bør trioanalyse av genpanel for utviklingsavvik utføres.
Som hovedregel utføres genomsekvensering av blodprøver, med analyse av in silico genpanel. For biopsier kan andre sekvenseringsmetoder benyttes. Sekvensvarianter i kodende region og -20/+6 basepar av intronisk sekvens, samt kjente sykdomsgivende varianter utenfor disse posisjonene, rapportert i HGMD og ClinVar, vurderes. Kopitallsanalysen (CNV-calling) omfatter delesjoner og duplikasjoner av gener i genpanelet, ±1kb av transkriptet, og kan derfor omfatte gener utenfor det analyserte panelet. Sekvensvarianter vurderes og klassifiseres etter modifiserte retningslinjer fra The American College of Medical Genetics and the Association for Molecular Pathology (Richards et al., Genetics in Medicine 2015;17:405 og Amendola et al. Am J Hum Genet 2016;98:1067). Varianter med allelfrekvenser >0,5% i gener forbundet med autosomal dominant arvegang og >1% for andre arveganger i antatt friske kontrollpopulasjoner (gnomad.broadinstitute.org) vurderes som normalvariasjon. Normalvariasjon/sannsynlig normalvariasjon rapporteres ikke. Genpanelene oppdateres regelmessig, men kan være ufullstendige da nye gener kontinuerlig identifiseres som årsak til sykdom. Det kan utføres reanalyser med andre/nyere versjoner av genpaneler, det må da sendes ny rekvisisjon. Laboratoriet utfører ikke systematiske reanalyser, men kan ved ny kunnskap utstede ny rapport.
Begrensninger for genpanelet
Analysen kan ha utilfredsstillende kvalitet for genotyping i enkelte regioner av genpanelet, dette angis i vedlegg til svarrapport. Sensitiviteten for variasjon i dupliserte områder i genomet (segmentale duplikasjoner) og repeterte sekvenselementer er redusert, især for kopitallsvarianter <5kb. Lavgradig mosaikk, insersjoner, inversjoner, translokasjoner og numeriske varianter som trisomier og monosomier kan ikke påvises med denne metoden.
Hensikten med testen er å identifisere årsak til sykdom; bærerstatus for recessive tilstander som ikke er sammenfallende med pasientens fenotype rapporteres vanligvis ikke. Kliniske opplysninger og familieanamnese benyttes ved laboratoriets valg av hensiktsmessig analyse, prioritering og variantvurdering. Mangelfulle/ukorrekte opplysninger på rekvisisjon vil derfor kunne medføre feil analyse, feil prioritering, feil i variantvurdering og dermed redusert utsagnskraft av de rapporterte resultater.
Rekvirering
Vi trenger EDTA-blodprøve av pasienten. Benytt Rekvisisjon for medisinsk-genetiske analyser ved Avdeling for medisinsk genetikk – OUS. Rekvisisjonen må inneholde indikasjon for analysen (klinisk informasjon og supplerende undersøkelser). Anfør gjerne ønsket panel. Familieanamnese inkludert navn og fødselsdato på relevante familiemedlemmer er nyttig. Inkluder gjerne resultat av genetiske analyser som ikke er utført hos oss. Analysen er ressurskrevende, ta kontakt ved spørsmål, tlf. 22 11 98 60.