Banebrytende dataverktøy for cellebiologisk forskning

 Det siste tiåret har vi fått instrumenter som gjør det mulig å studere tusenvis av molekyler i ett og samme eksperiment. Nå får laboratorieforskerne informatikkhjelp til å forstå resultatene sine.

 

Forskere ved Oslo universitetssykehus (OUS) har utviklet dataverktøy som åpner helt nye muligheter i cellebiologiforskning.  I en artikkel publisert i tidsskriftet Nature Methods, viser de hvordan man enkelt kan bruke Excel til å samle resultater fra mange ulike studier og få et klarere bilde av hvordan celler er skrudd sammen. 

– Det siste året har forskere ved OUS i samarbeid med informatikere i Tsjekkia og Spania laget regneark om til stømlinjeformede analyseverktøy, forteller Fridtjof Lund-Johansen, prosjektleder ved Oslo universitetssykehus.

Fra utilgjengelig til enkelt

Det som før var utilgjengelig blir plutselig enkelt. Nå kan forskere simpelthen kopiere store datasett og lime dem inn ved siden av hverandre for å sammenlikne dem og trekke sikrere konklusjoner. 

Prosjektleder Fridtjof Lund-Johansen forklarer at moderne cellebiologisk forskning gir så store datamengder at mange mister oversikten.

– Det siste tiåret har vi fått instrumenter som gjør det mulig å studere tusenvis av molekyler i ett og samme eksperiment. Nå er vi kommet til et punkt hvor laboratorieforskere må spørre informatikere om hjelp til å forstå resultatene sine. Da er det fare for at viktig informasjon blir «lost in translation».

Lund-Johansen forklarer at problemet ble åpenbart da forskningsgruppen gikk igjennom 90 artikler publisert i vitenskapelige tidsskrift i perioden 2012-2014. Til tross for at alle studiene var innenfor samme område, var det ingen som hadde sammenliknet resultatene med de som andre hadde publisert før.  Når man satte datasettene ved siden av hverandre, fikk man et helt annet og klarere bilde, og det ble klart at mange hadde trukket feil konklusjon.

Poenget med publisering er å sammenlikne

– Hele poenget med å publisere forskningsresultater forsvinner om vi ikke kan sammenlikne dem. Man har investert hundretalls millioner i nettskyer for å lagre data, men det hjelper lite om ingen laster dem ned og bruker dem, sier Lund-Johansen.

Selv er han lege og karakteriserer sin datakyndighet som hakket over gjennonsnittet.

– Jeg satt i årevis og laget kompliserte regneark i Excel, men de var først og fremst for husbruk, forteller Lund-Johansen.

Sammenlikner instrumentene med stor-datamaskiner

Forskningsgruppen er del av KG Jebsen senter for Immunterapi av kreft. Deres neste prosjekt er å gjøre selve målingene enklere og mer tilgjengelige. Lund-Johansen sammenlikner instrumentene han bruker med stor-datamaskiner. De to man har på OUS driftes av eksperter med lang utdannelse, og de fleste forskere vet ikke hva de skal bruke dem til.

Gruppen er godt i gang med utviklingen av teknologi som bedre kan sammenliknes med PCen.

– Når alle kan måle tusener av molekyler hver dag vil vi få et helt nytt perspektiv i cellebiologi og langt flere kan bidra til å forstå hva som går galt under sykdom, avrunder prosjektlederen.