Avdeling for medisinsk genetikk er landets største medisinsk genetiske avdeling og arbeider med utredning av arvelige sykdommer og forskning på arvelige årsaker til sykdom.
Hovedvirksomheter ved avdelingen er klinisk genetisk utredning, genetisk veiledning inkludert veiledning i forbindelse med fosterdiagnostikk, genetisk laboratoriediagnostikk og genetisk forskning.
Avdelingen ledes av professor Dr.med. Dag Undlien, og er organisert i 5 seksjoner. Laboratorievirksomheten er samlokalisert ved Ullevål sykehus og den kliniske virksomheten ved Rikshospitalet
Avdelingens drift utføres i samsvar med
Lov om medisinsk bruk av bioteknologi.
Rekvisisjonsskjema
For at vi skal kunne planlegge hvilke analyser og hvilke metoder vi skal benytte på laboratoriet, må vi ha utfyllende medisinske opplysninger og gode slektsopplysninger. Avdelingens rekvisisjonsskjemaer finner du på
Laboratorienes rekvisisjoner, under Medisinsk genetikk.
Analysetilbud
Det utføres en rekke ulike genetiske analyser ved vår avdeling, analysetilbudet finner du på Analyseoversikt-Laboratoriehåndbok, under Medisinsk genetikk.
En oversikt over genetiske analyser som finnes ved alle laboratorier i Norge kan finnes gjennom Norsk portal for medisinsk-genetiske analyser. Det er i tillegg mulig å opprette andre genetiske analyser, samt utføre spesielle analyser av kromosomer, som FISH, subtelomerundersøkelser og annet. Ta kontakt dersom dette er ønskelig.
Analyser skal rekvireres på eget rekvisisjonsskjema.
Snarvei til Genpaneler (HTS/NGS)
Prøvemateriale, prøvetaking og forsendelse
Rekvisisjonsskjema, med all etterspurt informasjon, skal alltid følge prøvematerialet. Se Rekvisisjonsskjema ovenfor. Det kreves ingen spesielle forberedelser av pasient i forbindelse med blodprøvetaking. Blodet skal ikke sentrifugeres. Vacutainerrør av plast foretrekkes fremfor vacutainerrør av glass.
Cytogenetiske metoder:
Prøvemateriale:
* Ved vanskelig prøvetaking/nyfødte ønskes 1 mL, men volum ned mot 0.5 mL kan aksepteres.
Vanskelig prøvetaking må spesifiseres på rekvisisjon.
Molekylærbiologiske metoder:
- Molekylær kromosomanalyse (aCGH)
- Fragmentanalyse
- DNA-basert trisomitest
- MLPA
- Andre fragmentanalyser
- Dypsekvensering (HTS)
- Sangersekvensering
Prøvemateriale:
EDTA-blod† (Lilla kork)
Prøvevolum: 3mL.
*
Forsendelse:
≤Romtemperatur
Korttidslagring:
Kjøleskap
Fostervann
Forsendelse:
≤Romtemperatur
Korttidslagring:
Kjøleskap
Biopsi (fysiologisk saltvann/ transportmedium)
Forsendelse:
≤Romtemperatur
Korttidslagring:
Kjøleskap
† Heparinblod eller tilsendt DNA kan unntaksvis benyttes ved vanskelig prøvetaking/nyfødte.
* Ved vanskelig prøvetaking/nyfødte ønskes 1 mL, men volum ned mot 0.5 mL kan aksepteres.
Vanskelig prøvetaking må spesifiseres på rekvisisjon.
Videresending
Laboratoriet videresender normalt ikke prøver til andre laboratorier for analyser som ikke er del av laboratoriets analysetilbud. Vennligst send prøver direkte til aktuelt laboratorium.
Ofte stilte spørsmål
Ofte stilte spørsmål – for rekvirenter av genetiske undersøkelser
1. Når er gentesten ferdig?
Vi har ulike svartider for ulike analyser, ut fra hvor ressurskrevende de er å utføre. Forventet svartid for de ulike analysene er oppdatert i laboratoriets serviceerklæring.
Når prøvesvaret er ferdigstilt sendes det umiddelbart til pasientens journal i DIPS når analysen er rekvirert ved Oslo Universitetssykehus. Eksterne rekvirenter vil motta prøvesvaret per post.
2. Tilbyr dere «denne» analysen?
Vårt diagnostiske analyserepertoar finnes i
Norsk Portal for Genetiske Analyser. På denne nettsiden er vårt laboratorium oppgitt med disse forkortelsene Ous-AMG-Kreft (Enhet for kreftgenetikk), Ous-AMG-Hjerte (Enhet for hjertegenetikk) og Ous-AMG-Generell (Enhet for generell genetikk).
Det kan være nyttig å starte med et søk på gennavn. Klikk så på gennavnet under «Tilgjengelige analysemetoder og utførende laboratorier» for å få opp informasjon om analysen utføres hos oss. Om du vet at analysen utføres med «ny» sekvenseringsteknologi (Next Generation Sequencing (NGS)/ High throughput Sequencing (HTS)), så kan du gå direkte til fanen «NGS genpanel» hvor de ulike genpanelene er sortert under indikasjoner.
Om du som rekvirent har ønsker om andre genpaneler som ville vært til nytte i din pasientbehandling, så anbefaler vi at du tar kontakt med
oss, for å diskutere mulighetene for å få satt dette opp som et tilbud.
3. Hvilke gener inngår i de ulike genpanelene?
Hvilke gener som inngår i de ulike genpanelene finnes i
Norsk Portal for Genetiske Analyser. Klikk på NGS genpanel, og tilgjengelige genpaneler vil da finnes sortert under de ulike indikasjonene.
Det finnes også informasjon om forutsetninger for å rekvirere de ulike genpanelene under beskrivelsen av dem.
4. Når trengs blodprøver fra foreldrene til pasienten?
Utviklingshemming og andre utviklingsavvik er en hyppig indikasjon hvor det er hensiktsmessig å utføre analyse på trio; dvs. blodprøver fra mor, far og barn. Vi trenger egen rekvisisjon og blodprøve fra hver av foreldrene. På rekvisisjonene må det klart fremgå hvem som er proband («den syke i familien»). Dersom både barn og én av foreldrene har samme sykdom, er ikke trio-analyse hensiktsmessig.
Mer informasjon om trio-analyse finnes her.
Det kan også være at laboratoriet ønsker å undersøke om en genfeil er nyoppstått eller nedarvet. Dette vil fremgå av svarrapporten.
5. Kan en genetisk test som gjøres for å finne årsak til sykdom, også være en farskapstest?
Ja. Noen av våre analyser krever at vi mottar blodprøve fra foreldrene til pasienten som undersøkes. Slike analyser vil kunne avdekke om prøven fra far ikke er i overensstemmelse med å være biologisk far (alternativ paternitet), selv om dette ikke er hensikten med analysen. Dette bør legen (rekvirent) gjøre oppmerksom på før testen utføres, da laboratoriet i noen tilfeller må oppgi dette i svaret for å kunne forklare analyseresultatet.
Det kan også nevnes at graviditet ved eggdonasjon kan påvirke analyseresultatet. Analyser som krever blodprøver fra foreldrene vil da være uhensiktsmessig.
Mer informasjon om trio-analyse finnes her.
6. Kan jeg stole på gentesten?
En gentest anses som en sikker test. Hvis man påviser en mutasjon (sykdomsgivende variant), er det svært høy sannsynlighet for at dette er korrekt. Men ikke 100 % sikkert. Det er likevel slik at noen genfeil ikke nødvendigvis gir sykdom (nedsatt penetrans) eller viser seg på svært ulik måte med forskjellig alvorlighetsgrad, også innen samme familie.
På samme måte kan også fravær av påvist genetisk variant heller ikke utelukke at pasienten har en sykdomsgivende variant enten i genene som er undersøkt, eller i genetiske områder som ikke inngår i analysen som er utført. Metodebegrensingene er ulike for våre ulike metoder, og vil være kommentert i svarrapporten.
Hva kan gå galt?
- Prøveforbytting ved prøvetaking og prøvebehandling: Gode rutiner og flere sjekkpunkter skal forhindre prøveforbytting, men det kan skje likevel.
- Forbedret teknologi: Selv om genetiske analyser anses som pålitelige og robuste, har alle teknologier som vi anvender i et laboratorium visse svakheter. Ikke minst avsløres dette ved introduksjon av nye og mer effektive teknologier; både når det gjelder fremskritt innen tilgjengelige reagenser og instrumenter, samt forbedrede IT- verktøy for analyse av laboratorieresultatene. Eksempelvis har svakheter ved en metode som er blitt sett på som «gull-standarden» for sekvensering, Sanger sekvensering, blitt tydeligere ved innføringen ny og mer effektiv teknologi (High Throughput Sequencing, HTS). I tillegg ser vi at Sanger sekvensering i dag er forbedret og mer pålitelig enn Sanger sekvensering for 10-15 år siden.
- Begrenset tilgjengelig kunnskap om gener og genetiske varianters betydning: Det er en kontinuerlig aggregering av kunnskap fra nasjonal og internasjonal forskning og diagnostikk innen genetikk som påvirker hvordan vi tolker betydningen av de genetiske variantene som påvises. Over tid kan derfor ny kunnskap tilkomme og føre til at vår tolkning av en genetisk variants betydning for en pasients sykdom, kan bli endret.
Hvordan bli sikker på resultatet?
For det første: Ingen test er 100 % sikker, heller ikke genetiske tester.
For det andre: Hvis det er utført en genetisk undersøkelse for noen år siden som ga et overraskende resultat: Be om ny test! En ny test bruker nye og forbedrede verktøy.
Laboratoriet tilbyr kontrollprøver for genetiske analyser. For visse analyser, som f.eks. arvelig kreft, anbefaler laboratoriet kontrollprøver i henhold til internasjonale retningslinjer. Dette vil gå frem av svarrapporten.
Hva med gentester i fremtiden?
Det er vanskelig å spå, især om fremtiden! Vi er likevel sikre på en ting: Teknologien går stadig fremover, ikke minst innen genetiske analyser. Om noen år kan dagens state-of-the-art teknologi anses som utdatert og ha svakheter som vi i dag ikke kjenner godt nok til.
Genetisk utredning av barn: Informasjon om behov for foreldreprøver
Til rekvirenter og pasienter/pårørende
Ved store genpaneler innen Next Generation Sequencing (NGS)/ High throughput Sequencing (HTS) forenkler vi tolkningsarbeidet i laboratoriet ved å utføre trio-sekvensering. Det betyr at vi analyserer DNA fra affisert barn og begge foreldre. Før undersøkelsen kan utføres, må man sende rekvisisjon og blod fra hele trioen (mor, far og barn). Slektskap må anføres på rekvisisjonen. Det gjøres derfor oppmerksom på at testing krever DNA fra begge biologiske foreldre.
Ved triosekvensering analyserer vi DNA fra pasienten og begge foreldrene. I tillegg til å kunne finne årsaken til sykdommen vil vi derfor også kunne fastslå både farskap og evt. eggdonasjon/adopsjon ved denne analysen, selv om dette ikke er formålet med testen. Slike funn vil ikke kommenteres i prøvesvaret, så fremt det ikke vurderes å ha følger for videre utredninger/behandling.
Ved denne analysen blir det nødvendigvis utført bærertesting av foreldrene til pasienten, og deres bærerstatus vil således avdekkes. Laboratoriet vil ikke gi egen svarrapport for foreldrene.
Analysene er rettet mot nyoppståtte mutasjoner og recessiv arvegang, samt X-bundet arv. Dette betyr at genetisk årsak ikke kan påvises ved annen arvegang.
Trio-sekvensering er en kostbar og ressurskrevende analyse. Det skal foreligge en god indikasjon for analysen. Indikasjon for trioanalyse er f.eks. pasienter med utviklingshemming/utviklingsavvik, metabolske sykdommer, eller hvis man skal undersøke alle kjente sykdomsgivende gener (HTS_Mendeliomet, utføres unntaksvis etter avtale).
Det kreves intet særskilt skriftlig samtykke til genetisk testing av pasienter (syke).
Etter mottatte blodprøver og rekvisisjon, så vil som oftest svar på analysen foreligge som beskrevet i avdelingens serviceerklæring [lenke] (se Metode: High throughput DNA-sekvensering (HTS)). Vi trenger egen rekvisisjon fra hver av foreldrene.
Spesielt om trio-sekvensering ved indikasjonen utviklingsavvik
Trio utviklingsavvik, tidligere benevnt Trio PU (psykisk utviklingshemming), er en hyppig rekvirent analyse. I dette genpanelet undersøkes det for over 1500 gener (2018). Det utføres sekvensering av gener beskrevet å forårsake arvelig sykdom (eksomsekvensering og bioinformatisk filtering rettet mot genene i genpanelet). Analysen kan rekvireres av spesialister i medisinsk genetikk, nevrologi eller barnemedisin.
Dersom det mangler større deler av arvematerialet, vil dette ikke avdekkes ved analysen. Dette kan avdekkes ved andre metoder. En slik metode er aCGH, som bør rekvireres i forkant av dypsekvensering. Metoden kan heller ikke brukes som test for den vanligste genetiske årsaken til utviklingshemming hos gutter (fragilt X syndrom). Fragilt X bør utelukkes før man rekvirerer trio-sekvensering.
Serviceerklæring
Serviceerklæringen angir forventede svartider for laboratorieanalyser utført ved Seksjon for laboratoriediagnostikk, Avdeling for medisinsk genetikk
Akkreditering
- Avdelingen er akkreditert i henhold til NS-EN ISO 15189:2012 med "Test 286" som akkrediteringsnummer. Avdelingen har "Fleksibelt akkrediteringsomfang (M31)" for metodene HTS (High Throughput Sequencing/dypsekvensering) av utvalgte genpaneler, Sanger sekvensering, DNA-basert trisomitest, utvalgte fragmentanalyser, karyotyping (G-bånd), FISH-, MLPA- og aCGH-analyser.
Akkrediteringsdokument (pdf)