Ved undersøkelsen ligger du på en benk med benholdere og legen fører rektoskopet innover i endetarmen. For å få til dette blåser legen inn litt luft via en ballong som er festet til skopet. Ved innblåsingen av luft vil tarmen utvide seg foran skopet, og det blir enklere å føre det innover. Du vil oppleve avføringstrang av dette.
Samtidig som rektoskopet trekkes ut undersøker legen slimhinnen og tarmveggen grundig. Legen vil ta prøver av slimhinnen med en biopsistang hvis han ser noe unormalt.