Enzymer som produseres i bukspyttkjertelen bidrar til at maten brytes ned i tarmen før næringsemnene tas opp i blodet. En bukspyttkjertel som ikke fungerer normalt vil derfor påvirke fordøyelsen.
Ved cystisk fibrose stenger det seige slimet bukspyttkjertelens veier, slik at enzymene ikke når tarmen. Dette hindrer både en normal nedbrytning av fett, og opptak av fettløselige vitaminer som A, D, E og K. Det er derfor risiko for underernæring, vitaminmangel og mangel på essensielle fettsyrer som kroppen ikke produserer selv. Et svekket opptak av kalk og D-vitamin kan gi nedsatt bentetthet og benskjørhet.
Amming kan kompensere for nedsatt bukspyttkjertelfunksjon hos små barn. De vil kunne gå tilfredsstillende opp i vekt fordi brystmelken inneholder et fettnedbrytende enzym. De fleste barn med cystisk fibrose klarer imidlertid ikke å nyttegjøre seg brystmelken, og går ikke opp i vekt. Dette til tross for at de spiser mye og stadig er sultne.
Hos en del personer med cystisk fibrose nedsettes bukspyttkjertelens funksjon først i tenårene eller senere. Hos noen få fungerer den normalt hele livet. Enkelte personer som har opprettholdt sin egen enzymproduksjon kan få betennelse i bukspyttkjertelen (pankreatitt). Dette kan være det første symptomet på at bukspyttkjertelens funksjon er i ferd med å bli svekket.