MBK omfatter virksomhet på lokalisasjonene Ullevål, Rikshospitalet, Radiumhospitalet og Aker. Avdelingen er inndelt i 10 seksjoner med tilhørende enheter. Noen av seksjonene er knyttet til én lokalisasjon mens andre er tverrgående. Enhetene er inndelt på grunnlag av metodologiske og kliniske kriterier.
Driftsseksjonene med døgnkontinuerlig drift og ansvar for organisering av prøvetaking og analysering er lokalisert til Ullevål, Radiumhospitalet, Rikshospitalet og Aker. Driftsseksjonenes enheter består av Prøvetaking, Preanalyse, Hematologi, Biokjemi og Spesialanalyse. Enhetene må bidra med personalressurser til blodprøvetaking, preanalytisk arbeid og vakttjeneste.
Hormonlaboratoriet ligger på Aker. Kompetansesenter for medfødte metabolske sykdommer og seksjon for hemostase og trombose ligger på Rikshospitalet. Medisinskfaglig seksjon, seksjon for forskning og seksjon for fellesfunksjoner er tverrgående.
Seksjon for medfødte metabolske sykdommer
Seksjon for hemostase og trombose
Seksjon for fellesfunksjoner
Seksjon for forskning
Medisinskfaglig seksjon
Driftsseksjon Aker
Driftsseksjon Radiumhospitalet
Driftsseksjon Rikshospitalet
Driftsseksjon Ullevål