Rundt halvparten av personene med primær ciliær dyskinesi har speilvendte indre organer (situs inversus totalis). Når en person har speilvendte indre organer, utposninger i luftveiene (bronkiektasier) og manglende pannebihuler (frontal sinus), kalles tilstanden Kartageners syndrom. Denne betegnelsen brukes imidlertid mindre nå enn tidligere.

Det vil være nyttig for helsepersonell å være informert om at en person har speilvendte indre organer.

Hos omlag tolv prosent av de som har primær ciliær dyskinesi kan enkelte indre organer i mage eller brystkasse være plassert feil (heterotaksi). Denne tilstanden kan være assosiert med kompleks hjertefeil. De fleste av mennene som har primær ciliær dyskinesi er infertile. For kvinner kan sykdommen føre til nedsatt forplantningsevne og svangerskap utenfor livmoren.

Sykdommen kalles primær ciliær dyskinesi for å skille den fra sekundær ciliær dyskinesi, som innebærer en midlertidig svekkelse i flimmerhårenes funksjon. Sekundær ciliær dyskinesi kan oppstå på grunn av en luftveisinfeksjon.