For å sikre at laserbehandlingen forløper smertefritt, setter legen bedøvelse umiddelbart før behandlingen. Det gjøres ved å sprøyte et lokalbedøvende middel i hudområdet som skal behandles. Sprøyten med lokalbedøvelse kan gi ganske sterk svie når den settes, selv etter forbehandling med Emla, men svien går fort over. Bedøvelsen forsvinner etter en til to timer. 

Ved kondylomer i urinrørsåpningen påfører legen bedøvelseskrem i form av Emla krem i urinrørsåpningen med en sprøyte uten kanyle før inngrepet, og Emla skal da ikke benyttes før ankomst.

Etter behandlingen kommer det til å være overfladiske sår som vanligvis heler i løpet av to til tre uker. Det behandlede området bør vaskes daglig med vann og eventuelt såpe. Området tørkes forsiktig, og deretter kan en smøre på sårkrem (for eksempel Brulidine-krem) for å forebygge infeksjon.

Hvis det behandlede område er omkring endetarmen, bør det vaskes eller skylles etter toalettbesøk. Ved utbredte anale kondylomer kan det noen ganger være aktuelt med sittebad i en stor plastbalje, eventuelt blandet med grønnsåpe eller kalium-permanganat på kvelden. Det er ikke gunstig med sex så lenge det er åpne sår og/eller smerter.